Los vitrales del Santuario muestran dos facetas importantes de la vida de San Pedro Esqueda.
Una terriblemente trágica, cuando los del ejército federal pretendían que subiera a un árbol para luego prenderle fuego (y como no pudo subir entonces lo acribillaron con balas).
La otra escena es un cuadro frecuente en su vida, rodeado de niños a quienes enseñaba a rezar el rosario y les encaminaba por el camino de la fe católica.